Při troše štěstí jste již na Pokéstopech mohli nalézt společně s Pokébally také vejce. Jak už jistě tušíte, tato vejce se mohou vylíhnout v Pokémona. Ani to ovšem není pravidlem a někdy se nám mohou vylíhnout i v jinak zajímavé věci jako například stardust (hvězdný prach), který budete potřebovat při vylepšování Pokémonů. Po čase hraní se tak vejce stanou velice zásadní položkou, kterou budete jistě často využívat.
Když už vejce získáte, tak k jejich vylíhnutí si budete muset dělat velké procházky. Bez nich se vejce totiž nevylíhne. Vejce se dělí na 4 druhy: 2 km, 5 km, 10 km a na takzvaná Lucky eggs (šťastná vejce). Čím více kilometrů musíte ujít, aby se vejce vylíhlo, tím vzácnější budou i Pokémoni uvnitř. Každý hráč má k dispozici jeden inkubátor, do kterého lze dát pouze jedno vejce. Inkubátory můžete přikupovat v obchodě za Pokécoins a nebo je můžete získat při hraní.
Takto získané inkubátory jsou ovšem jen dočasné, takže se po několika použitích sami zničí. Další věcí, kterou je nutno zmínit, je, že pokud si myslíte, že nasednete do auta, pojedete a vejce se vám vylíhne, jste na omylu. Tvůrci hry prozradili, že rychlost, při které se musíte pohybovat, aby se vejce vylíhlo musí být do cca 30 km/h. Takže vašimi jedinými pomocníky při líhnutí budou vaše nohy, popřípadě kolo.
